A négy jó barát él boldogan a new yorki állatkertben. Alex, az oroszlán;, akinek a szórakoztatás a szenvedélye Marty, a zebra, Gloria, a víziló;és az én személyes kedvencem Melmen, a hipohonder zsiráf. Kellemes életük van, kényelmes helyen élnek, kiszolgálják őket és nem kell mást tenniük az élelemért, minthogy naponta szórakoztatják az állatkert látogatóit. Egyszóval arany életük van, mindenki elégedett. Vagyis, hogy majdnem mindenki.
Marty, 10. születésnapján elmondja barátainak legnagyobb vágyát. Szeretne elmenni a szabadba, kipróbálni az életet a vadonban. Barátai igyekeznek meggyőzni, hogy jó neki itt és ott csakis rossz lehet, de a zebra hajthatatlan. Éjjel, amikor már az állatkertben mindenki alszik, Marty megszökik, egyenesen a pályaudvar felé tart, hogy elérje a gyors vonatot Miamiba.
Alex, Gloria és Melmen jó barátok lévén, a zebra után erednek, utol is érik a pályaudvaron, ahol körbe fogják őket az emberek és hamarosan egy tengerjáróhajón ébrednek egy dobozban. Útban a vadon felé.
Mindenki vissza szeretne menni New Yorkba, egyedül Marty élvezi az új helyzetet, környezetet. Madagaszkáron kötnek ki, a makik földjén, ahol az önjelölt király Julian. A makikat félelemben tartják a Fosszák, vagyis a helyi ragadozók, akik ellen reményeik szerint Alex és barátai adhatnak védelmet.
A négy jó barátnak meg kell tanulnia, hogyan boldoguljanak az állatkerten kívül a vadonban, és természetesen alkalmazkodniuk kell egymáshoz. Hiszen a vadon hatással van rájuk, főleg Alexra, az oroszlánra, aki napok óta nem evett és éhes.
Az állatkertből nem csak ők szöktek meg, a pingvinek is kereket oldottak. Őket is hajóra pakolták, hát ők is eljutottak oda ahova mindig is vágytak. Az Antarktiszra, hát nem olyan, mint amilyennek képzelték. Így uralmuk alá veszik a tengerjárót és ők és melegebb éghajlat felé veszik az irányt. Egy sziget partjainál hajóznak, amikor észrevesznek négy segélykérőt a parton. Igen, Alexet, Melment, Gloriát és Martiy, akik a hajót látva úgy gondolják vége vadonbeli megpróbáltatásaiknak.
