Az előző részben ugyan megérkezett a hajó de a négy jó barát nem ment sehova, vagyis hogy nem tudott. Így tovább élvezik Madagaszkár és lakóinak vendégszeretetét. És úgy vettem észre jól ki is jönnek egymással. Ám mégis hazavágynak New Yorkba. Meg is építették a repülőt, amit hát nem sokáig tudnak a levegőben tartani. Madagaszkárról szállnak fel, és Afrikában zuhannak le.
Ahol Alex találkozik a szüleivel, akiktől vadászok szakították el még kölyök korában. Az emlékek lassan felidéződnek az oroszlánban, és rá kell döbbennie, hogy kölyökként sem illett ide, és most sem. Marty pedig találkozik egy hatalmas zebracsordával, ahova könnyedén beilleszkedik, de hamarost kezdi magát kevéssé különlegesnek érezni. Egy lesz a millióból, sőt ennek tetejébe még legjobb barátjával is összekap.
Afrika Gloriának is megadja azt, amit szeretne. Szerelmet, randit. Moto-Moto hatalmas víziló, ám Glória hamar csalódik és rádöbben ki is szereti, ki ismeri őt igazán. Rádöbben, hogy a szerelem nem is volt olyan messze tőle mint gondolta, csak eddig nem volt nyitva a szeme.
A vadon Melmenre is hatalmas hatást gyakorolt, szerintem ő fejlődött a legtovább. Levetkőzte hipochondriáját, és a zsiráfcsorda orvosa lesz. Bátortalanságát is legyőzte, megteszi azt amit már réges rég meg kellett volna tennie. Mindezt pedig Juliannek köszönheti, ami hát valljuk be igen meglepő.
Külön-külön mind megvívják a csatáikat, de össze kell fogniuk hogy legyőzzék a közös ellenséget, az oroszlánt, aki letaszította Alex apját a trónról, és elzárta a víz útját a Szavanna lakói elől. A helyzetet csak Kívül, az emberek által járt területen lehet megoldani…
A pingvinek, és a majmok komoly küzdelmet folytatnak a repülő helyreállításáért. De meglesz az eredménye. Most már csak az a kérdés, hogy New York vagy Afrika az igazi otthonuk?
